A lo largo del siglo que duraron las obras, varió algo el rumbo unitario del estilo gótico, ya que, a mediados del siglo XVI, la portada principal se formula como un magnífico arco de triunfo manierista, que recuerda mucho a las obras castellanas de Rodrigo Gil de Hontañón.
Lo demás guarda el estilo unitario gótico referido, aunque el Coro deja ver el talante clasicista de su tracista.
Un año después las tropas carlistas volvieron a intentar conquistar Bilbao, pero en esta ocasión fue el ejército liberal el que ocupó Begoña, transformándolo en fortín.
La soldadesca quemó como combustible todo lo que quedaba en la iglesia, altares, retablos, armarios… incluso el entarimado del templo fue consumido por sus hogueras.
El inventario ordenado por el gobierno en 1838 indica, aludiendo al estado de ruina del templo, que “ni aun tiene lo absolutamente preciso”.
En 1873 la guerra vuelve a Begoña, transformando de nuevo el santuario en fortaleza, primero por los carlistas, que, al ser expulsados se llevarán consigo la imagen.
Un falangista, Juan José Domínguez, fue fusilado como castigo, aunque su participación en los hechos es discutida por algunos.
Es ya tradición antigua que la Cofradía de Begoña organice sendos actos.