Al desaparecer un día la imagen, empezaron a buscarla hasta que la encontraron escondida entre la hierba tocha.Entonces, con ayuda de otros vecinos decidieron reedificar la ermita con mejores materiales.Los moros creyeron que estaban construyendo en su lugar un fuerte y quisieron acabar de una vez por todas con aquellos cristianos.Esta leyenda, originada por Lope de Vega, como hemos señalado anteriormente, fue posteriormente recordada por Rojas Zorrilla y Hartzenbusch.Su sucesor Carlos II encomendó la decoración pictórica del interior a Lucas Jordán.Una vez pasada la invasión francesa, los dominicos vuelven al convento hasta que se produce su exclaustración en 1834, lo que provocó grandes daños a la iglesia, convirtiéndose el convento en cuartel de inválidos y la iglesia en parroquia castrense.Las obras comenzaron en 1891, pero por problemas económicos sólo se llevó a cabo el campanile y el panteón.Las vidrieras recuerdan al estilo románico y representan los misterios del Rosario.Representa a María sedente en un trono bajo, con el Niño sobre la rodilla izquierda y una manzana en la diestra.La figura de Jesús bendice a la vez que sostiene un libro.En la basílica también se encuentra una talla del Santo Niño de Atocha.Está situada en la parte posterior izquierda de la basílica según se mira hacia el altar mayor.
Vista de la antigua Real Basílica de Nuestra Señora de Atocha antes de su destrucción (20 de julio de 1936) y sustitución por un nuevo templo.
