Hannigan se ha especializado en obras de Henri Dutilleux, Pierre Boulez, György Ligeti, Louis Andriessen, Benjamin Britten y Arnold Schönberg.

Estudió en Halifax,[2]​ mudándose a los 17 a Toronto[3]​ donde cursó estudios en la Universidad de Toronto, con Mary Morrison[4]​ Se perfeccionó en el Banff Centre for the Arts, el Festival de Ravinia, el Centre d'Arts Orford y el Conservatorio Real de La Haya.

Desde 2011, Hannigan también ha dirigido[9]​ la Filarmónica de Berlín[10]​ y otras orquestas en Múnich, Toronto, Cleveland, Gotenburgo o Praga.

[12]​ y ganó el Rolf Schock Prize en la categoría Artes musicales.

[15]​ Ha sido galardonada con el Premio Musical Léonie Sonning en su edición de 2020.