El BLAST es la herramienta más usada para la anotación y predicción funcional de genes o secuencias proteicas.

Muchas variantes han sido creadas para resolver algunos problemas específicos de búsqueda.

UU., por lo que es de dominio público y puede usarse gratuitamente desde el servidor del Centro Nacional para la Información Biotecnológica (NCBI).

Las desventajas son: no se permiten hacer búsquedas masivas dado que es un recurso compartido, no se puede personalizar las bases de datos contra la que busca el programa, y las secuencias son enviadas al servidor del NCBI sin ningún tipo de cifrado, lo que puede ser un problema para quienes quieran mantener sus secuencias privadas.

El tipo de matriz usada es determinante para los resultados que se obtendrán, el uso de una matriz incorrecta puede llevar a calificar erróneamente los alineamientos y por lo tanto obtener resultados equivocados.

W es otro parámetro usado por BLAST y se refiere al tamaño de las palabras a buscar.

Ajustando los parámetros T, A y W se puede escoger entre hacer un alineamiento sensible pero lento, o uno más rápido pero con menor sensibilidad.

Una vez obtenidas las palabras que cumplen con los criterios dados, se pasa a la etapa de extensión.

Los alineamientos resultantes son llamados pares de alta puntuación (High Score Pairs o HSPs, por sus siglas en inglés).

Al final se reportan sólo los alineamientos que hayan obtenido una probabilidad menor a E.

Siempre se considera más "costoso" abrir un nuevo gap que expandir uno existente.

Esta variante de BLAST[3]​ es usada para buscar posibles homólogos en organismos muy lejanos entre ellos, filogenéticamente hablando.

Al inicio, hace un Blastp normal, usando una matriz estándar para calificar los alineamientos.

Otra diferencia es la licencia, WU BLAST es software propietario y es gratuito solo para uso académico.