El Consejo de Administración de la APB se renueva cada cuatro años y está formado por un presidente y un director, vocales representando a Capitanía Marítima, Administración General del Estado, Abogacía del Estado y Puertos del Estado, representantes de la Comunidad Autónoma de las Islas Baleares, consejos insulares de Mallorca, Menorca, Ibiza y Formentera, ayuntamiento de Palma, cámaras de Comercio, asociaciones empresariales y representantes sindicales de los trabajadores.
La APB publica una memoria anual donde se refleja el estado financiero, inversiones, estadística de tráfico de mercancías y de pasajeros, o las empresas y servicios portuarios.
Los puertos y los aeropuertos son la puerta de entrada a las Islas Baleares por lo que es apreciable el número de pasajeros que cada año embarcan y desembarcan en sus cinco puertos.
No fue la primera vez que la APB era objeto de una investigación contra la corrupción.
En la década anterior ya fue registrada y fueron imputados dos de sus presidentes por el amaño en concesiones náuticas, en una operación que se conoció como 'caso Mar Blau'.