En 2009 San Francisco tuvo una breve estancia en Segunda División, pero jugando bajo el nombre Cuervos Negros de Zapotlanejo, sin embargo, el equipo solo compitió durante el Apertura 2009, en el certamen alcanzó los cuartos de final siendo eliminado por Chivas Rayadas, para el Bicentenario 2010 fue desafiliado por deudas.

Para la temporada 2020-21 la directiva del club decidió no competir en ninguna categoría profesional, esto con el objetivo de sanear las finanzas del club, las cuales habían sido afectadas por la suspensión del fútbol mexicano, además, se consideró que no era adecuado el regreso de las competencias de balompié debido a que la crisis sanitaria todavía no había sido completamente superada.

[4]​ El equipo no volvió a competir después de la pausa iniciada en el 2020 por lo que se consideró como disuelto ante la Liga.

El Club actualmente utiliza un uniforme a rayas verticales con vivos en colores morado y naranja metálico.

En el municipio se da el crecimiento de una planta a la que se le llama "cebollines", según cuentan los relatos, esta es una señal de que el lugar está habitado por gente con "dones" para realizar magia.