El Atlético Malabo debutó en el fútbol de Guinea Ecuatorial en las temporadas 1981 y 1982, proclamándose campeón nacional en ambas.
Se especula con que el Atlético fue subcampeón y heredó la plaza continental debido a una posible descalificación del Akonangui.
En la competición, se enfrentó al US Mbila Nzambi de Gabón, empatando 2-2 en la ida[2] y perdiendo 3-1 en la vuelta.
[17][18] En 2005, lideraron la fase regional insular en un momento dado, acumulando 23 puntos en 7 partidos, pero al final no lograron conquistar el título.
Participaron en las ediciones 2008,[21] 2011[22] y 2012 de la Liga Nacional, que se disputaron en formato único, pero sin información sobre sus posiciones finales.
[23] En 2013, el club afrontó su primera gran caída, al descender tras perder los nueve partidos de la fase insular.