Los principales órganos de la Asociación son la Asamblea General de los afiliados, las Asambleas Generales por Sector, la Asamblea Nacional de Delegados, el Consejo Central y los Consejos del Sector Financiero Privado y del Sector Financiero Oficial.

[4]​ AEBU es una organización de alcance nacional cuya sede central se encuentra en Montevideo.

Además cuenta con 22 sedes distribuidas a lo largo y ancho del país.

Este edificio, obra de los arquitectos Rafael Lorente Escudero, Rafael Lorente Mourelle y Juan J. Lussich, reúne diferentes espacios en una arquitectura abierta donde conviven la actividad gremial, con la deportiva y cultural.

El Hogar Estudiantil fue un proyecto surgido en 1973, destinado a jóvenes hijos y nietos de afiliados que necesitaban residir en la capital para continuar sus estudios.

Esta gestión conjunta permite una convivencia ordenada que tiene en cuenta los intereses de los jóvenes.

Desde julio de 2011 la casa está ubicada en el barrio de Parque Rodó y su adquisición fue posible gracias al fondo solidario constituido con los despidos donados por los trabajadores de los quebrados bancos Comercial, Caja Obrera y Montevideo, luego ingresados al Nuevo Banco Comercial.

Con el paso del tiempo, los documentos en poder de AEBU pasan a ser fuente oficial de la historia, con los trabajadores y trabajadoras y su accionar colectivo en primer plano.

[10]​ El anfiteatro, como parte de la importante obra arquitectónica de la sede central declarada monumento histórico nacional, presenta un conjunto orgánico espacial con gran independencia entre las actividades gremiales, deportivas y culturales; logrando al mismo tiempo un diálogo integrador con su entorno.

Con el nombre de este complejo se homenajea al fallecido dirigente Juan José Ramos, cuya figura se agigantó durante la crisis de 2002 y alcanzó relieve nacional.