[2] El club fue fundado en 2010, para reemplazar al desaparecido Deportes Ancud, hecho ocurrido en la ciudad el año anterior.En la Libsur 2012, actual Liga Saesa, Ancud consiguió ganar el campeonato por primera vez en su historia, frente a Español de Osorno.En la edición LIBSUR 2013 venció en la final al Club de Deportes Las Ánimas, coronándose campeón por segundo año consecutivo.[3] Su mayor logro en la Liga Nacional de Básquetbol fue alcanzar las finales de conferencia en la temporada 2017-18, temporada 2018-19, cayendo por 1-4 frente a Club Social y Deportivo Osorno Básquetbol[4] y 3-4 frente a Club Deportivo Valdivia,[5] respectivamente.Desafortunadamente los problemas dirigenciales y económicos del club le prohibieron continuar en la liga, retirándose de la competencia al finalizar la Fase Zonal.[6] En la siguiente temporada clasifica por primera vez a la Fase Nacional, tras quedar en el tercer lugar de la Zona Sur.En ella realizó una pésima campaña, donde finalizó en la última posición ganando sólo 3 partidos.Actualmente, ABA Ancud se consagró campeón de la Copa Chile 2024 derrotando en la final a Colegio Los Leones disputada en el Gimnasio Fiscal Luis "Caco" Suárez de Ancud.
