La historia de Nacional en básquetbol comienza en el año 1932, bajo la presidencia del Dr.

La idea fue anexar al Club Nacional de Football la infraestructura que poseía en aquella época el Club Springfield, ya afiliado a la Federación Uruguaya de Basketball.

Al año siguiente, Nacional logra por primera vez el título de Campeón Federal venciendo a Trouville, título que solo habían logrado anteriormente clubes pioneros como el mencionado Sporting, Atenas, Olimpia y Unión Atlética.

Y allí se inició un ciclo de varios años, en el cual, si bien no se obtuvo un nuevo título Federal, el equipo tricolor fue sostenido animador de toda esa década.

En 1974 se produce el descenso a la última divisional, Cuarta de ascenso.

La temporada 1979 resultó más dificultosa de lo previsto y Nacional salvó la permanencia en la última fecha, venciendo a Unión Atlética en el Parque Central.

La temporada 2013-2014 depararía el descenso de Nacional, ya que sufrió la quita de puntos por incidentes en su primer partido frente a Biguá, y esto lo llevó a jugar un desempate con Bohemios donde fue derrotado.

Luego de dos años más jugando en segunda división, Nacional consiguió nuevamente el ascenso en la Liga Uruguaya de Ascenso 2016, logrando participar en primera en la temporada 2017-2018, en la cual logró meterse entre los 8 mejores equipos y acceder a los Play-off por primera vez en su historia en la Liga Uruguaya de Básquetbol[3]​ Actualmente, desde el retorno a La Liga Uruguaya, Nacional llegó 5 veces a semifinales en 6 ediciones.

[5]​[6]​[6]​ Al no tener la cancha habilitada durante mucho tiempo, Nacional ha tenido que alquilar escenarios pertenecientes a otros clubes, como por ejemplo a Welcome, Unión Atlética, Sayago, Goes entre otros.