Fue refundado, con la misma denominación, en 1967, aunque su andadura duró hasta 1985, cuando causó de nuevo baja.

Ya entrados los años noventa se refundó la institución; concretamente fue en el año 1992 bajo el actual nombre de Asociación Deportiva San Juan.

Sin embargo, para el final de la década se dio un impulso a la institución con Mariano Casasnovas en la presidencia y Juan Carlos Ruiz de Lazcano "Chirri" en la dirección deportiva.

En esta campaña se convirtió en el equipo revelación del grupo aragonés y mantuvo un gran nivel.

[2]​[3]​ Definitivamente el San Juan fue descendido administrativamente de categoría, mientras la junta directiva desapareció sin asumir ninguna responsabilidad y dejando diferentes impagos a jugadores y al cuerpo técnico, que ni siquiera llegaron a formalizar sus contratos.