[4] Aseprite fue lanzado en 2001 bajo el nombre de Allegro Sprite Editor.
Tras el lanzamiento de la versión 1.1.8 en 2016, los desarrolladores cambiaron la licencia por una tipo EULA,[5] la cual permite a los usuarios descargar, compilar y usar el código fuente para fines personales, pero prohíbe la redistribución del mismo a terceros.
Después del cambio de licencia, los binarios de Aseprite empezaron a ser comercializados en diferentes plataformas como Steam, Itch.io y el mismo sitio web del proyecto.
El código fuente de Aseprite solía estar alojado en la plataforma de Google Code, hasta que en el año 2014 los desarrolladores migraron el proyecto a GitHub.
[7] Aseprite presenta una interfaz que utiliza capas, fotogramas y celdas (intersecciones entre capa y fotograma) similar a la de Adobe Flash.