Surgió y reemplazó a la Canadian National Indian Brotherhood (Hermandad Indígena Nacional de Canadá) a principios de los años 80.

Los objetivos de la organización son proteger y promover los derechos e intereses aborígenes y tratados de las Naciones Originarias en Canadá, incluyendo salud, educación, cultura e idioma.

Otros grupos se formaron para celebrar tratados con gobiernos coloniales.

Después de la Primera Guerra Mundial, la Liga de Indios en Canadá fue fundada por un veterano Mohawk, Fred Ogilvie Loft (1862-1934).

Los documentos adquiridos a través del acceso a las solicitudes de información revelan que los jefes de la RCMP y la policía provincial de Ontario y Quebec se reunieron en el verano de 2007 con el entonces jefe nacional de AFN, Phil Fontaine, para «facilitar un enfoque coherente y efectivo para gestionar las protestas y ocupaciones aborígenes».