En 1891 asistía por primera vez a las clases de Julián Ribera, iniciando así una larga amistad y colaboración científica.En 1895 fue ordenado sacerdote, y pocos meses después se trasladó a Madrid para su doctorado, que tuvo lugar en 1896; por entonces conoció a Menéndez Pelayo y siete años más tarde, en 1903, ganó por oposición la cátedra de Lengua arábiga de la Universidad de Madrid, en la que sucedió a Francisco Codera Zaidín.En 1931 publicó El islam cristianizado, en donde estudió la relación entre el sufismo y el ascetismo cristiano hasta el siglo XVI.Su obra de erudito se ha centrado en encontrar las relaciones mutuas que ligaron la cultura cristiana y la islámica y en exhumar textos apenas conocidos, sintiendo un especial interés en este sentido por la filosofía islámica.Como lingüista y lexicógrafo, es muy importante su Glosario de voces romances registradas por un botánico hispano-musulmán (siglos XI-XII).
