Fue ordenado diácono en 1938, y se estableció durante los cinco años siguientes en Atenas para cursar estudios de Teología y Leyes en la Universidad de Atenas, graduándose en 1942.Makarios compartía su plataforma política y conocía a su líder, el político y soldado griego Georgios Grivas, pero su grado de implicación no está claro.En su vida posterior Makarios negó categóricamente estar involucrado en la resistencia violenta del EOKA.La comunidad turcochipriota temía que en un Chipre independiente y controlado por la comunidad grecochipriota serían perseguidos y que, por lo tanto, su seguridad en la isla solo podía ser garantizada bajo la soberanía británica o turca.Un año después, Makarios fue liberado pero aún tenía prohibido regresar a Chipre.Se dirigió a Atenas, donde fue calurosamente recibido, y desde ahí continuó trabajando por la enosis los siguientes dos años.El 1 de marzo, el arzobispo regresó a Nicosia siendo clamorosamente recibido por la multitud.El 16 de agosto de 1960 la bandera británica fue arriada por última vez en Nicosia y Makarios tomó posesión como presidente ejerciendo una política moderada, cultivando las buenas relaciones tanto con Grecia como con la vecina Turquía y distinguiéndose en el Movimiento de Países No Alineados (MPNA).Retornó para reasumir su cargo el 7 de noviembre del mismo año.
