Las arquitecturas moleculares mecánicamente entrelazadas son uniones o conexiones entre moléculas que no se producen a través de los enlaces químicos o fuerzas intermoleculares tradicionales, sino como consecuencia de su topología o forma.
Esta unión entre las moléculas es similar al modo en que se unen las llaves a un llavero.
Recientemente, ha sido acuñada la terminología "enlace mecánico" para describir la relación entre los componentes de estas estructuras moleculares mecánicamente engranadas.
Aunque la investigación sobre arquitecturas moleculares mecánicamente entrelazadas se centra principalmente en compuestos artificiales, se han encontrado muchos ejemplos en los sistemas biológicos, incluyendo: puentes o nudos de cistina, ciclotidas, o lazo-péptidos como la microcina J25 que son proteínas, y otros péptidos.
Hay un gran interés en estas arquitecturas moleculares porque permitirían desarrollar máquinas molecularesmediante la manipulación de la posición relativa de sus componentes.