Adolf Hitler le designa para supervisar y ayudar el trabajo del inescrupuloso arqueólogo francés Dr. René Belloq (archirrival del Dr. Jones) en la búsqueda de la bíblica Arca de la Alianza, cuyo legendario místico poder pretende utilizar el régimen nazi para sus propios fines.
Indiana Jones aparece a tiempo para evitar que la torturen, pero en la lucha subsiguiente el local arde, el medallón cae en fuego, y la mano de Toht queda gravemente quemada al agarrarlo para intentar recuperarlo.
Toht una vez más intenta sonsacarle información con sus métodos interrogatorios, que disgustan al propio Belloq.
Pero en ese mismo momento son descubiertos por Belloq y los nazis, que le atrebatan el preciado objeto; después, dejan a Jones y a Marion enterrados vivos en el monumento.
Más tarde, a petición de Belloq, la desembarcan en una isla griega, pues el arqueólogo quiere realizar un ritual judío para abrirla, examinar su interior y comprobar si es la auténtica Arca de la Alianza.