Luego fue a P.C.V; la escuela de los exfutbolistas Víctor Danilo Pacheco, Alex Comas, e Iván René Valenciano.
En Santa Marta, se terminó de formar como futbolista, y debutó con el "ciclón bananero" en el año 2009.
Armando Vargas, fue el goleador del Unión Magdalena en el año 2012, anotando más de 25 goles, y liderando al ciclón para que llegara a la final de la Primera B.
Su mejor partido en Santa Fe, fue en la final del Torneo Finalización, donde reemplazó de gran manera a Omar Sebastián Pérez, ayudando al equipo cardenal a ganar su octava estrella.
Al año siguiente, Armando Jr terminó de su etapa en Santa Fe, ganando la Copa Sudamericana.