[19]​ Benedetti ha sido acusado en diferentes oportunidades por el Fiscal Néstor Humberto Martínez con quien ha tenido varias disputas públicas.

Estas denuncias hasta el momento no han sido rebatidas por el fiscal Néstor Humberto Martínez Neira ni por el empresario Luis Carlos Sarmiento, quien ha perdido dos tutelas[23]​ en los estrados judiciales en las que pretendía obligar al senador Benedetti a retractarse.

[24]​ El Fiscal General Néstor Humberto Martínez lo acusó y le abrió una investigación por estos hechos, Benedetti negó las acusaciones y demandó a Martínez ante la ONU «por haber actuado sin competencia al desarrollar una investigación paralela e ilegal vulnerando las facultades exclusivas de la Corte Suprema de Justicia para investigar congresistas».

Según Benedetti de los 40 testigos presentados en el proceso ninguno dijo nada en su contra.

[34]​ Posteriormente tanto Guerrero como Covo respaldaron a Benedetti asegurando que no había ocurrido tal episodio de agresión.

[35]​ Tras la renuncia de Benedetti a este cargo fue posteriormente nombrado como director del Dapre por breve tiempo, lo que causó malestar en varios ministros y provocó varias renuncias y cambios en el gabinete ya que dicho cargo implicaba que los ministros deberían interactuar constantemente con Benedetti con quien, decían algunos, no sentirse cómodos.