[2]​ Por desgracia, sus frecuentes fracasos en los grandes partidos lo hicieron tristemente célebre, incluyendo malograr su primera oportunidad de salvamento en su primera Serie Mundial y malograr varios partidos claves al final de la temporada 2001.

Esto dio lugar al apodo de "BLOWnítez" por todos sus salvamentos echados a perder.

Su paso por los Gigantes de San Francisco estuvo envuelta por lesiones y un alto porcentaje de salvamentos malogrados, nunca tuvo el éxito que mostró en 2004 con los Marlins.

La lesión lo mantuvo al margen hasta agosto, cuando regresó a la lomita después de una difícil rehabilitación.

Benítez empezó bien en el año 2007, aprovechando sus primeros siete oportunidades de salvamento.

[7]​ Chris Haft observó que Benítez había "incurrido en la ira de los fanáticos de San Francisco con su actitud, así como con su rendimiento", y que "mantuvo su tendencia a no aceptar la responsabilidad de sus malos resultados, lo que llevó a que la multitud en el AT&T Park le abucheara y le mostrara después el más mínimo efecto.

[10]​ Después de iniciar la temporada en las menores, fue agregado a roster activo en mayo.

Sin embargo, el 7 de junio, fue designado para asignación y puesto en libertad.

Benítez fue liberado el 15 de julio e inmediatamente firmó para volver a jugar su tercera temporada con los Newark Bears.