Su sede central está en Mombasa.

La Armada de Kenia tiene bases navales en Mombasa, Shimoni, en el Condado de Kwale, en Msambweni, en Malindi, en el Condado de Kilifi, y desde 1995, tiene una base naval situada en la Isla Manda, en el Archipiélago de Lamu.

Esta había sido precedida por la Marina Real Colonial del África Oriental (en ingles británico: Royal East African Navy).

Tras la disolución de la Armada colonial en 1962, los puertos marítimos proporcionaron el control de las operaciones navales en las antiguas colonias de África Oriental, hasta que los estados independientes establecieron sus propias armadas nacionales.

El bombardeo naval fue parte de una ofensiva de la Unión Africana para capturar la ciudad de Kismaayo, que había sido tomada por los militantes de la juventud combatiente de Al-Shabaab durante la Guerra Civil Somalí.