Aristonectes ha sido clasificado muy variadamente desde su descripción en 1941, pero una revisión en 2003 de los plesiosaurios llevada a cabo por Gasparini et al.

encontró que Aristonectes estaba más cercanamente relacionado con los plesiosaurios elasmosáuridos como Elasmosaurus.

Un plesiosaurio similar, Morturneria, puede ser un sinónimo más moderno de Aristonectes, según dicho estudio.

Los aristonéctidos son la familia más próxima a los criptocleidoides policotílidos.

Posteriormente Ketchum y Benson (2010) recuperan a Aristonectes parvidens como un Elasmosauridae retomando así las ideas originales de Gasparini et al., 2003.