Sus cinco hermanos mayores fueron asesinados por su madre, Nisa, quien quería acceder al trono luego de la muerte de su esposo, pero el menor fue salvado por el pueblo leal a la dinastía.

Nisa fue condenada a muerte por su crueldad, y Ariarates VI fue coronado rey.

Estos hechos fueron un buen pretexto para Mitrídates V Evergetes del Ponto, que trató de asentar su control sobre el país.

Por eso casó a Ariarates con su hija Laódice, pero su hijo Mitrídates VI no lo consideró suficiente para hacer de Capadocia un reino satélite del Ponto y mandó asesinar a Ariarates.

Sin embargo, poco después fue expulsado por Mitrídates VI del Ponto, quien colocó en el trono a Ariarates VII, hijo de Ariarates VI.