Cabe inferir que el término arcón ‘piedra de marco, señal de lindero’ ha tenido cierta vigencia en época medieval, como lo tuvo su sinónimo arca.

El sufijo –ón en arcón posee quizá un matiz deverbal en participio agente como se observa en otros términos prediales; así en el sayagués fincón ‘laja de piedra hincada (< fincar) en el suelo que forma parte de los vallados’.

Entidad Local Menor, en 2008 su alcalde pedáneo era Jesús Ruiz Bujedo PP.

A la caída del Antiguo Régimen queda constituida como ayuntamiento constitucional con mismo nombre del partido Briviesca, región de Castilla la Vieja, contaba entonces con 39 habitantes.

Para evitar expolios, dado que en invierno como en la mayoría de los pequeños pueblos burgaleses apenas hay habitantes, el retablo del altar mayor de grandes dimensiones y riqueza artística, dedicado a santa Eulalia, fue trasladado íntegramente al Museo del Retablo en Burgos.