Uno de los escritos más antiguos que posee este archivo data desde 1598.

Seguidamente, en 1903 el archivo fue ubicado en el Edificio de Rentas, según orden de Esteban Guardiola hasta su traslado junto con la Biblioteca Nacional de Honduras en 1963, a la casa que fue del General Francisco Morazán a la altura de la avenida Cristóbal Colón.

De acuerdo con lo establecido en el Reglamento de Organización, Funcionamiento y Competencia del Poder Ejecutivo, se ha encomendado a esta Secretaría la formulación, coordinación, ejecución y evaluación de políticas referentes a la investigación, rescate, salvaguarda y difusión del patrimonio cultural de la nación.

El Archivo Nacional de Honduras sufrió otro traslado en el año 2006 a la antigua Casa Presidencial de Honduras o Palacete Presidencial donde hasta la fecha se encuentra.

Esta entidad se encuentra asociado a los archivos y bibliotecas de la América Latina.