En el centro del conflicto está Appleseed, los datos que pueden extender la vida Bioroide restaurando su capacidad reproductiva.
Deunan también descubre que hay otras personas buscándola, sobre todo porque ella posee, sin saberlo, el secreto de "Appleseed".
Seiyūs: Ai Kobayashi (Japonés Original), Amanda Winn Lee (Inglés), Xóchitl Ugarte (Español Latinomaericano).
Seiyūs: Jūrōta Kosugi (Japonés Original), Jamieson Price (Inglés), José Lavat (Español Latinomaericano).
Seiyūs: Mami Koyama (Japonés Original), Mary Elizabeth McGlynn (Inglés), Romy Mendoza (Español Latinomaericano).
Seiyūs: Miho Yamada (Japonés Original), Mimi Woods (Inglés), Isabel Martiñon (Español Latinomaericano).
Seiyūs: Yuki Matsuoka (Japonés Original), Karen Strassman (Inglés), Ana Lucía Ramos (Español Latinomaericano).
Puede observarse que en el disco extra de la Edición del Director Norteamericana, Yoshitsune Miyamoto, es descrito como un humano.
Seiyūs: Toshiyuki Morikawa (Japonés Original), Dave Wittenberg (Inglés), Raúl Aldana (Español Latinomaericano).
Supremo comandante de las O.R.A., el General Edward Uranus III tiene un gran desagrado por Bioroids, y desea controlarlos o eliminarlos totalmente.
Seiyūs: Yuzuru Fujimoto (Japonés Original), Michael McConnohie (Inglés), Blas García (Español Hispanoamericano) El Coronel Hades es subordinado del General Uranus.
No obstante, su desconfianza ha pasado a ser un odio irracional en todos los sentidos, y desea verlos destruidos.
Seiyūs: Tadahisa Saizen (Japonés Original), Jack Aubree (Inglés), Mario Filio (Español Hispanoamericano) La Dra.
Por tanto, se aseguró de que los Bioroids no pudieran reproducirse aunque mantuvo y codificó la fórmula para activar sus sistemas reproductivos - nombre código "Appleseed" - en un pendiente el cual, después de que su asistente Athena evacuó, otorgó a su hija Deunan, con la promesa de que se lo daría a Athena si ella se lo pidiese.
El director Shinji Aramaki también dirigió la secuela de la película en 2004, titulada Appleseed EX Machina, la cual fue lanzada en otoño del 2007 en Japón.
La película presentó de nuevo animaciones generadas por ordenador y John Woo estuvo involucrado en su producción.