Tras ser ahorcado, su cuerpo fue enterrado en la Iglesia de Tinta, con la asistencia del mismo Túpac Amaru.

Para Sinanyuca el corregidor era un "mártir", y con mucha tristeza temía por su pueblo y por su propia familia, ya que ahora sin la protección de su amigo Arriaga estaba a merced de los sacerdotes del Cuzco.

Ambos se reunían y compartían almuerzos frecuentemente, al grado de considerarse compadres.

Túpac Amaru se negaría a formar parte de tal negocio y aquello esfumaría la amistad que había desarrollado con Arriaga.

Aparte de ello, Condorcanqui le dio su respaldo a la Curia del Cuzco cuando la Iglesia entró en conflicto contra el corregidor Arriaga tras la rebelión que apareció en Yauri.

Túpac Amaru se retiró, enojado y agraviado, hacia su cacicazgo esa misma noche.