Extremadamente cultivado y erudito, en 1762-1763, partió con Louis Antoine de Bougainville en una expedición a las Islas Malvinas como capellán y naturalista, la cual hizo escala en varias ciudades, como Montevideo,[1]​ y estableció el primer asentamiento estable de Port-Saint-Louis, que al pasar a manos de los españoles en 1767, pasaría a llamarse Puerto Soledad.

Se apasiona con las doctrinas místicas cristianas del sueco Emanuel Swedenborg y funda, con el conde polaco Tadeusz Grabianka, los Illuminati de Berlín.

Pero su proselitismo no complace al rey[2]​ por lo que, acompañado por el conde, vuelve a Aviñón.

Pernety fue detenido aunque fue puesto en libertad rápidamente por la intervención personal del ciudadano François Poultier,[4]​ representante en misión.

Encontró entonces refugio con el abogado Vincent-Xavier Gasqui, que le instaló en su palacete (hôtel) de la Place des Trois Pilats.