Sus dos hermanos desaprobaron las nuevas nupcias de su madre, por lo que se emanciparon.

Antón se trasladó a Madrid y decidió emprender la carrera militar, enrolándose en Valencia.

Al conocer la muerte de su hermano Pedro en Granada, a manos de Pedro Velasco,[2]​ hermano de una mujer con quien había rechazado casarse, marchó a dicha ciudad a vengarle.

Sin embargo, allí conoció a Juan de Dios, religioso dedicado a la caridad, que le convenció de que abandonara sus planes de venganza.

[3]​ En 1587 se produjo un agrupamiento de los hospitales madrileños que convirtió al de Antón Martín en el mayor de la villa, al absorber al Hospital del Campo del Rey y al Hospital de San Lázaro.