Seis antiguas subespecies han sido elevadas a la categoría de especie: A. ferreus, A. terraealtae, A.kahouannensis, A.chrysops, A.caryae y A.desiradei.
[2] Se ha cuestionado la validez de estas subespecies, ya que existe una amplia intergradación entre ellas y la especie muestra una extrema variabilidad en su apariencia; tanto entre regiones como individualmente en la misma región.
Esto se ha visto posiblemente potenciado por los cambios en los hábitats por parte de los humanos (permitiendo que las poblaciones entren en contacto más fácilmente entre sí) y las translocaciones de los individuos.
La mayoría de los Anolis marmoratus no coinciden claramente con la subespecie típicamente reconocida.
[3][4][5] Los estudios genéticos confirman que no existe un fuerte emparejamiento selectivo entre las distintas poblaciones, a pesar de sus diferencias de apariencia y de que se separaron hace unos 650.000 años (el intervalo más acreditado fue hace 351.000 años).