Una vez que fueron descubiertos en su escondite, Ana y su familia capturados fueron llevados a distintos campos de concentración alemanes.

Los Frank eran judíos reformistas (progresistas); mantenían muchas tradiciones de la fe judía, pero no se ceñían demasiado a los preceptos.

Otto se quedó en Fráncfort, pero le ofrecieron montar en Ámsterdam una sucursal de Opekta, una empresa alemana, y él se fue a los Países Bajos a poner en marcha los negocios y preparar todo para la llegada de su familia.

En 1934, la madre de Anne se trasladó con sus dos hijas a Ámsterdam, donde su marido Otto llevaba meses preparando sus negocios y la futura vida familiar.

[7]​ En el verano de 1935 y 1936 Anne pasó unas vacaciones despreocupadas con su tía abuela en Suiza, donde hizo amistades.

En 1938, junto con su amigo Hermann van Pels, un carnicero que también había huido con su familia judía, fundó otra empresa dedicada a la venta de especias.

Calificó el suceso como un ataque de fiebre que haría entrar en razón a todos los participantes.

Pero su esperanza se trocó en miedo cuando, en septiembre de 1939, el ataque a Polonia hizo estallar la Segunda Guerra Mundial.

Hasta entonces, habían intentado mantenerlas al margen, simular normalidad, pero ahora Ana estaba hecha un lío.

Otto intentó varias veces que le concedieran asilo en Estados Unidos o en Cuba, entre otros con la ayuda de su amigo Nathan Strauss, quien tenía contactos con la primera dama Eleanor Roosevelt, pero no tuvo éxito.

Otto Frank le había pedido ayuda, antes, a su secretaria Miep Gies (de soltera, Hermine Santrouschitz).

Una semana más tarde, la familia van Pels entró también en la casa trasera, como hizo después en noviembre de 1942 el dentista Fritz Pfeffer.

El ambiente era tenso, y los refugiados vivían con miedo e incertidumbre, lo que daba lugar a continuas tensiones.

A Ana le molestaba tener que compartir la habitación con Fritz Pfeffer y ver su privacidad limitada.

Para Ana fue muy difícil pasar su adolescencia, época caracterizada por una actitud rebelde, encerrada con sus padres y obligada a adaptarse.

Ana leyó muchos libros que le sirvieron para mejorar su estilo y convertirse en una escritora autónoma.

Tenía dudas sobre si Otto amaba a Edith; sospechaba que se había casado con ella por conveniencia.

Ana escribió sobre la dedicación y sobre los esfuerzos para levantarles el ánimo durante los momentos más peligrosos.

Durante el día empleaban a las mujeres en realizar trabajos forzados y por la noche las hacinaban en barracones frigoríficos.

Ana pudo juntarse por un breve periodo con dos amigas, Hanneli Goslar (llamada «Lies» en el diario) y Nanette Blitz, quienes sobrevivieron a la guerra.

Tras la guerra, de los aproximadamente 110 000 judíos que fueron deportados desde los Países Bajos durante la ocupación nazi, solo 5000 habían sobrevivido.

Al preguntársele muchos años después sobre su primera reacción, respondió sencillamente: «Nunca supe que mi pequeña Ana era tan profunda».

La familia van Pels se convirtió en Hermann, Petronella y Peter van Daan; Fritz Pfeffer pasó a llamarse Albert Dussel.

Pero su destino nos ayuda a aceptar la inmensa pérdida que sufrió el mundo por culpa del Holocausto».

[18]​ Su biógrafa Melissa Müller dijo que escribió «en un estilo preciso, confiado y económico, pasmoso en su franqueza».

Stielau se retractó de su afirmación anterior, y Otto Frank no llevó su demanda más lejos.

Cuando fue entrevistado, Silberbauer admitió enseguida su papel, e identificó a Ana Frank en una fotografía como una de las personas que fueron arrestadas.

Su declaración corroboró la versión de los hechos que había sido presentada anteriormente por testigos como Otto Frank.

Consiste en el almacén Opekta, las oficinas y la achterhuis, sin amueblar, para que los visitantes pudiesen caminar libremente por todas las habitaciones.

Desde la pequeña habitación que fuera una vez hogar de Peter van Pels, un pasillo conecta el edificio con sus construcciones vecinas, también adquiridas por la Fundación.