Se encuentra encarcelado por hacer campaña en pro de la adhesión a la organización ilegal llamada Estado Islámico de Irak y el Levante, proscrita por la ley antiterrorista del año 2000.

El gobierno del Reino Unido ilegalizó Al-Mohajiroun y Choudary participó en los inicios de la organización que la sucedería: Ahlus Sunnah wal Jamaah.

Defiende la implantación de la sharia —la ley religiosa islámica— en el Reino Unido y en Polonia.

En respuesta a las acusaciónes de que habría sido muy «aficionado a las fiestas» y que se «colocaba» (drogaba) con sus amigos, Choudary confesó en 2014: «no siempre fui [musulmán] practicante... cometí muchos errores en mi vida».

[17]​ Los dos hombres se conocieron en una mezquita local donde Bakri impartía un tafsir (interpretación del alcorán).

[18]​ En 2002, a la salida de un mercadillo organizado por Al-Muhajiroun (que se había anunciado mediante volantes e informalmente), Choudary dio una charla en Slough sobre educación.

[20]​ En 2003 y 2004 organizó un campamento de temática islámica en que Bakri impartió charlas.

[24]​ Al año siguiente, bajo una nueva legislación antiterrorista, el gobierno anunció que pretendía poner fuera de la ley a Al-Muhajiroun.

[29]​ La organización opera principalmente desde un foro de internet al que se accede solamente por invitación y al cual contribuye el propio Choudary bajo el seudónimo de Abou Luqman.

Un periodista que visitó el sitio manifiesta haber sido testigo de llamamientos a la guerra santa y haber encontrado grabaciones de Osama Bin Laden, Ayman al Zawahiri y Omar Bakri Muhammad.

Choudary tomó el micrófono de la mano del presidente y empezó a corear la consigna «sharia for UK» ('[implantad] la sharia en el Reino Unido'), haciendo referencia a la exclusión de las mujeres con las siguientes palabras: «judíos y cristianos nunca harán la paz con nosotros hasta que nos hagamos como ellos o nos asimilemos a su forma de actuar».

Fuera del edificio, Choudary criticó la sociedad británica y predijo que los musulmanes se harían mayoritarios en una o dos décadas.

Cuando se le pregunto por qué vivía en el país si se quejaba tanto de su sociedad, respondió: «Venimos aquí a civilizar a las personas para que salgan de las tinieblas y la injusticia y entren en la belleza del Islam».

[33]​ En noviembre de 2008 Choudary organizó un acto de la, por entonces, recientemente creada organización Islam4UK, la cual manifestaba en su página web haber sido «formada por musulmanes sinceros para constituirse en una plataforma que propague la supremacía de la ideología islámica en el Reino Unido como alternativa divina a la legislación concebida por los hombres» y para «persuadir a los británicos de la superioridad del Islam... modificando así la opinión pública en favor del Islam de modo que se pueda transferir todo poder y autoridad... a los musulmanes y así implantar la sharia [en el Reino Unido]».

[34]​ Según Ed Husain, cofundador del think-tank antiterrorista Quilliam Foundation ('Fundación Quilliam'), Islam4UK fue «una escisión de Al-Muhajiroun ['emigrantes'] e Hizb ut-Tahrir ['partido de la libertad'], los padres del extremismo en el Reino Unido».

Más tarde, Choudary anunció que Bakri se dirigiría a los asistentes por videoconferencia pero tuvieron problemas técnicos.

En ella explicaba sus razones para convocar la marcha de protesta, manifestaba sus creencias religiosas y sostenía que los políticos británicos habían mentido en lo tocante a la guerra.

[37]​ La pretensión fue condenada por el primer ministro británico, Gordon Brown, que dijo que estaría «totalmente fuera de lugar» ofender a los familiares de los soldados heridos o fallecidos.

[38]​ También condenó esta convocatoria el centro Minhaj ul Quran International situado en Forest Gate,[39]​ así como el Muslim Council of Britain ('Consejo Musulmán del Reino Unido'), que manifestó «condenar la convocatoria de una marcha en Wootton Bassett por parte del grupo criptoextremista Islam4UK».

En una entrevista para BBC Radio, dijo: «ahora se nos señala como organización extremista o terrorista e incluso se nos ilegaliza simplemente por expresarlo» y «creo que esto colisiona con los conceptos de democracia y de libertad».

[47]​ Choudary ha mostrado su apoyo a la comunidad musulmana de Somalia, la cual —según él— ha sido violada por etíopes asistidos por cristianos, y ha hecho un llamamiento también para que otros miembros se unan a la yihad.

[49]​ Cree en la primacía del Islam sobre otras religiones y en la implantación completa de la sharia —la ley religiosa islámica— en el Reino Unido.

El Daily Mail publicó que había manifestado: «Me encuentro aquí para protestar pacíficamente pero habrá gente en Italia y en otras partes que podrían estar dispuestos a llevar esto a cabo [la ejecución del papa]».

[63]​ La policía metropolitana de Londres investigó sus comentarios concluyendo que no se cometió «ningún delito sustancial» durante la manifestación.

Choudary dijo que el grupo Sharia Project organizaría más redadas de ese tipo.

[78]​ Al entrar en esta categoría, sus activos quedan bloqueados y se le prohíbe comerciar o establecer relaciones económicas con estadounidenses.

[79]​ En enero de 2010, Mehdi Hasan, colaborador del periódico The Guardian, escribió: «¿Es Choudary un autoridad islamica cuyas opiniones sean dignas de ser atendidas o tenidas en cuenta?

[82]​ Rod Liddle, colaborador del periódico The Spectator, dijo: «Anjem Choudary... es un cretino, uno de esos habladorzuelos oportunistas que seguramente solo da el Reino Unido».

[86]​ Al año siguiente Peter Oborne, alineándose con la crítica de Sayeeda Warsi al trato recibido por los musulmanes, destacó que Choudary era una excepción dentro los mismos, que en su mayoría eran «gente decente».

[89]​ En 1996 Choudary se casó con Rubana Akhtar (o Akhgar) que tenía 22 años y se había unido recientemente a Al Muhajiroun, que él dirigía en ese momento.