Ana Margarita era la única hija del landgrave Federico I de Hesse-Homburg (1585-1638) de su matrimonio con Margarita Isabel (1604-1667), la hija del conde Cristóbal de Leiningen-Westerburg.

A partir de 1659, empleó a su ahijada, Johanna Eleonora von Merlau.

Johanna Eleonora más tarde se casaría con Johann Wilhelm Petersen y formularía una forma radical del pietismo.

En la corte, Johanna Eleonora conoció a Philipp Jacob Spener y a Johann Jakob Schütz y desarrolló una profunda amistad con la hija de Ana Margarita, Sofía Isabel.

De su matrimonio Ana Margarita tuvo los siguientes hijos: