En vista de la adhesión de Eslovenia a la UE, en 2003 se trasladó a Bruselas para trabajar como asesor de los nuevos diputados eslovenos al Parlamento Europeo del grupo del Partido Popular Europeo (SDS).
Como Janša fue reemplazada en el gobierno por Borut Pahor, Logar permaneció como oficial en UKOM.
Fue reelegido director con el segundo gabinete de Janša en 2012.
Presidió el Comité de Investigación para identificar abusos en el sistema bancario esloveno y determinar las causas y responsabilidades de la segunda revisión del sistema bancario en la Eslovenia independiente.
[2] Fue avalado por el comité con 13 votos a favor y 7 en contra.