Tras finalizar Alice, McGee dejó EA para fundar su primera compañía, The Mauretania Import Export Company.
Acompañado de Enlight Software, McGee estrenó los juegos Scrapland en 2004 y Bad Day L.A.
El planeado American McGee's Oz, que iba a estar producido en conjunción con Ronin Games, fue cancelado por dificultades financieras en Atari.
American McGee's Grimm, desarrollado por su empresa de desarrollo de videojuegos con sede en Shanghái Spicy Horse para el servicio en línea GameTap, fue estrenado semanalmente en veintitrés segmentos episódicos, empezando en 2007.
En 2013 abrió un Kickstarter para un nuevo juego, American McGee's OZombie, sin embargo debido a la mediocre financiación el proyecto fue cancelado.