Fundada en el año 1806 que sería nombrada Nacashtlan o Nacaxtlán, Nuevo San Carlos y posteriormente sería nombrada Altamirano (actualmente) en honor al poeta Ignacio Manuel Altamirano.
Las culturas que se encuentran en este municipio son la cultura Tseltal y Tojolabal que las podemos encontrar en comunidades cercanas de dicho municipio.
En 1848 por decreto nacional, avecindados de Comitán establecieron centros de comercialización en San Carlos, el camino real Comitán-Salto de Agua, y reclamaron tierras propias para su explotación, los indígenas desplazados por Mestizos deciden poblar una ranchería nueva en los márgenes del río, hoy "La Laguna".
En 1881 aparece el pueblo Nuevo Nacaxlán, sobre la antigua finca San Carlos.
Cuenta con 10 618 habitantes lo que representa un incremento promedio de 1.5% anual en el período 2010-2020 sobre la base de los 9200 habitantes registrados en el censo anterior.