El reconocimiento que tuvo en esta catedral lo corrobora el hecho de que en el año 1648, la Catedral determinara en reunión capitular que el Credo romano de Lobo se interpretara todos los domingos del año y en todas las grandes celebraciones religiosas.

A diferencia de Victoria, Lobo no vivió en Italia durante años.

La figura de Alonso Lobo ha empezado a ser rescatada del olvido en que muchos meritorios compositores ibéricos han estado durante siglos, y hoy día se le ubica entre los mejores polifonistas del Renacimiento tardío,[2]​ con recuperaciones discográficas de conjuntos como Musica Ficta, Ensemble Plus Ultra, La Grande Chapelle, The Hilliard Ensemble, The Tallis Scholars y otros destacados conjuntos corales de todo el mundo.

Sus obras incluyen misas y motetes, tres pasiones, lamentaciones, salmos e himnos, además de un miserere para 12 voces (que se ha perdido).

Ninguna música secular o instrumental suya ha sobrevivido que se sepa.