El príncipe Sidi Ismail Bey (1742-1780) hijo de Ali I se rebeló inmediatamente pero la revuelta fue reprimida en 1762 y huyó a Argelia, donde murió.
Ali II volvió a reclutar a los soldados en el Levante restaurando a los jenízaros, siendo reconocido como gobernador por la Sublime Puerta pero al igual que los demás gozó de una completa autonomía, el bey podía firmar tratados con las potencias extranjeras y la Sublime Puerta no interfería en ningún aspecto de la administración.
Su hijo mayor Sidi Sulayman Bey murió el 30 de diciembre de 1764 y el segundo Muhammad ocupó la posición de heredero.
(junio de 1770) pero con la mediación del yerno del primer ministro Mustafá Khodja se pudo resolver satisfactoriamente, la anexión de Córcega fue reconocida (que conllevó la lenta liberación de los numerosos esclavos corsos en Túnez) y a partir de entonces un cónsul general francés se estableció en el país.
El 9 de febrero de 1777, enfermo, cedió el poder a su hijo Muhammad ibn Ali conocido como Hammuda Pachá conservando algunas funciones ceremoniales y residiendo en el palacio.