En noviembre de 1978 pasó a cumplir funciones en la Procuraduría del Estado en lo Contencioso Administrativo.

[4]​[5]​ En marzo de 1990, el entonces Procurador del Estado en lo Contencioso Administrativo Mariano Brito, al ser nombrado Ministro de Defensa Nacional, hizo reserva de su cargo, por lo que Juan Carlos Gambarotta se convirtió en Procurador interino.

Gambarotta ocupó el puesto algo más de dos años, hasta su cese en junio de 1992 al cumplir los 70 años, edad límite constitucionalmente establecida para su ejercicio.

Desempeñó este cargo durante poco menos de dos años, hasta que, tras renunciar Brito a reintegrarse a la Procuraduría una vez finalizada su gestión ministerial, en abril de 1994 fue nombrado como nuevo titular del puesto Eduardo Piaggio Soto.

Contrajo matrimonio en 1955 con Mireya Alonso Regules,[6]​con quien tuvo tres hijas, Mireya, Marta y Raquel Gómez Haedo Alonso.