Después de que la Unión Soviética invadiera también Polonia como parte del pacto Ribbentrop-Mólotov entre Iósif Stalin y Adolf Hitler, su tabor se trasladó a la parte de Polonia ocupada por los alemanes.
Mientras visitaban Stanisławów, ella y su esposo fueron capturados en una redada callejera por la policía ucraniana, que los entregó a los alemanes, pero la pareja logró escapar.
Posteriormente, se vieron obligados a trasladarse a guetos romaníes en Lublin, Lodz y Bełżec, pero también huyeron de ellos y se establecieron en Rozwadów, donde los alemanes habían organizado un campo de trabajo para romaníes.
[1] En Rozwadów, Markowska fue contratada en el ferrocarril y logró obtener un permiso de trabajo (Kennkarte) que le dio cierta protección contra nuevas detenciones.
Viajaba a lugares donde se producían masacres de poblaciones judías o gitanas y buscaba supervivientes, los llevaba a su casa, los escondía y obtenía documentos falsos que los protegían de los alemanes.