En 1922 estrenó, junto con Jacques Thibaud, la Première sonate pour violon et piano de Germaine Tailleferre.

[1]​ En 1928 fundó junto a Ernest Ansermet y Louis Fourestier la Orquesta Sinfónica de París.

En 1942, fue uno de los pocos pianistas franceses en poder tocar en Berlín, en plena ocupación nazi.

Estos hechos le acarrearán bastantes problemas tras la Liberación pero desde 1946, reemprende su actividad de concertista.

Controvertido, apoyó la ocupación alemana en Francia durante la Segunda Guerra Mundial (tocó en conciertos auspiciados por los nazis, por ejemplo), y esto le llevó a ser declarado persona non grata después del fin de la guerra.

Sus motivaciones para hacer esto han sido discutidas, pero se le prohibió dar conciertos públicos por un año, y su imagen pública en Francia quedó muy deteriorada (considerando que siguió siendo bien recibido en sus recitales en otros países, sobre todo Inglaterra).

Alfred Cortot ha tenido una gran influencia en la interpretación pianística tanto en Francia como en el extranjero, particularmente en la Unión Soviética donde los conciertos dados durante los años 1920 (en Moscú y San Petersburgo), fueron el origen de una escisión en el mundo pianístico local.

Del otro, los pianistas más inclinados hacia el academicismo, como Alexandre Goldenweiser criticaron el gusto de Cortot por la libertad.

Cortot está entre los más grandes músicos del siglo, y representa el fin de una era.