El alfabeto fue creado por el monje tibetano Drögon Chögyal, conocido por el título honorífico de lama 'Phags-pa, a instancias del emperador mongol Kublai Kan, fundador de la dinastía Yuan.

Kublai Kan encargó al monje la tarea de diseñar un alfabeto unificado que se pudiera utilizar para todas las lenguas habladas en el extenso territorio del imperio Yuan.

El lama 'Phags-pa se basó en el alfabeto tibetano de su lengua materna, añadiéndole nuevas letras para representar sonidos del mongol y el chino y adoptando el formato vertical de escritura al estilo del alfabeto mongol de origen uigur que se utilizaba por aquel entonces.

A la caída de la dinastía Yuan, se abandonó totalmente su uso en chino y mongol, aunque los mongoles seguirían utilizándolo durante algún tiempo para anotar fonéticamente la pronunciación de los caracteres chinos.

En tibetano, el sistema ha pervivido como una escritura decorativa hasta la época actual.