[cita requerida] Ballan pasó a profesionales en 2004 con el equipo Lampre.
En su primera temporada, Ballan trabajó para otros corredores como Romāns Vainšteins y Gianluca Bortolami.
Volvió a tener una actuación destacada en el Tour de Flandes siendo 5º.
Ballan consiguió lo que hasta entonces sería su mayor logro, ganar el Tour de Flandes, consiguió la victoria al sprint por delante del favorito local Leif Hoste de Bélgica.
[2] Debido a esto, el BMC Racing, su equipo por aquel entonces, puso fin al contrato de Alessandro.