A la muerte de monseñor Boric, el vicario general Goić pasó a desempeñar el cargo de vicario capitular, hasta que la Santa Sede nombrase un obispo.Este nombramiento recayó en monseñor Tomás González, continuando como vicario general hasta mayo de 1979.Esta ordenación, según se comenta, fue la primera que efectuada por manos de Juan Pablo II a un obispo chileno.Sin embargo, Goić nunca tuvo miedo de represalias por parte de los militares, aunque en una ocasión le fueron incautadas las grabaciones del programa radial Testimonio, donde se relataban los atropellos a los derechos humanos y laborales.[9] Aunque no fue mediador entre las partes en conflicto durante las manifestaciones estudiantiles realizadas el año 2006, Monseñor Goić manifestó en reiteradas ocasiones su intención de que las movilizaciones llegaran a buen puerto.Durante los primeros meses del año 2008, ofició como facilitador de diálogo entre el gobierno y Patricia Troncoso, presa política pro mapuche que mantuvo una huelga de hambre durante 112 días.[15][16] Sus declaraciones causaron reacciones encontradas en el panorama político, social y empresarial del país.El jueves 23 de agosto, y a propósito del debate iniciado por Alejandro Goic, la presidenta Michelle Bachelet anunció la formación del Consejo Asesor para la Equidad Social Hacia un Chile más Justo, que tenía como objetivo proponer reformas al sistema laboral chileno.[21] En términos más duros replicó el senador demócratacristiano y jefe territorial de la campaña de Eduardo Frei, Jorge Pizarro, quien dijo que incluso «en la Iglesia también hay muchos homosexuales, hay gente que comete delitos tan delicados como la pedofilia, y existen en todas partes y no por eso se va a acallar el tema».[22] Más conciliador fue el propio candidato de la Concertación, Eduardo Frei, quien dijo que no había que excluir a los chilenos homosexuales, pues «todos somos hijos de Dios y, por lo tanto, todos debemos ser acogidos en nuestra patria».
Monseñor Goić durante una visita al Colegio Enrique de Ossó.
