En su primera temporada en su nuevo club no tuvo buenos resultados, ya que Atlético Nacional terminó undécimo lugar y quedó fuera de la fase semifinal.
Una lesión en el 2006 hace que solo aparezca en 21 partidos durante los dos torneos del año, donde Atlético Nacional, en ambas ocasiones, terminó entre los ocho primeros, pero no ganó sus respectivos grupos en la etapa de semifinales.
Nacional terminó en el tercer lugar con 32 puntos, con Ramírez jugando en la mayoría de los partidos.
Nacional ganó las semifinales del Grupo A, con Ramírez participando en todos los partidos.
Una vez más, Nacional se impuso en las semifinales, aunque Ramírez salió expulsado en el primero de estos partidos.
Nacional se enfrentó a La Equidad en la final, donde Ramírez jugó los 90 minutos en ambos encuentros.
La siguiente semana hizo su debut en casa, donde anotó dos goles en un partido en el que Morelia venció 3-2 al Pachuca.
Ramírez comenzó la temporada Apertura 2008 con un gol en un 2-2 de visitante ante San Luis.
Tras superar un problema de orquiepididimitis,[2] en los últimos años ha tenido un excelente desempeño y ha llevado al equipo a liguillas y en 2010 ganó su primer título internacional con Morelia en la SuperLiga Norteamericana frente al New England Revolution e incluso disputó la final del Torneo Clausura 2011 donde fue subcampeón para posteriormente en 2013 ganar la Copa Mx frente al Atlas de Guadalajara en la que Aldo fue pieza fundamental.
Su primer gol sería el 30 de enero dándole la victoria a su equipo 2-1 sobre Chiapas Fútbol Club.
El 20 de julio le da la victoria a los verdes por la mínima como visitantes sobre Rionegro Águilas.
[6] Ramírez recibió una sorprendente llamada a filas por el gerente recién nombrado José Pekerman en febrero de 2012 para hacer frente a México en un amistoso en Miami Gardens, fue su primera convocatoria en casi cuatro años.
Ha recibido varios llamados para eliminatorias y amistosos, se utiliza sobre todo como un sustituto pero ha sido elogiado por sus actuaciones desde el banquillo, comenzó su clasificación hacia la Copa del Mundo en el empate sin goles ante Argentina en Buenos Aires.