En 1891, el Gobierno de Bernardo Soto, en premio a su talento y a sus esfuerzos de investigador en el campo de la botánica, le concedió una beca y lo envió a Francia, para cursar estudios superiores en la Universidad de la Sorbona.
Allí permaneció los primeros años, y después se traslada a Suiza, formándose científicamente en la Universidad de Ginebra, donde obtuvo el doctorado.
En la administración de don Julio Acosta se le nombró Jefe de la Sección Botánica del Museo Nacional, donde desplegó una actividad extraordinaria en la colección de plantas de los bosques.
Se calcula que todos los herbarios coleccionados por el Profesor Brenes, al través de su vida de investigador, ascendían a 29.000 especímenes.
En 1971, le fue concedido ser Benemérito de la Patria.