Sin embargo, cuando este último apoyó las aspiraciones reeleccionistas de Carlos Menem en contra de Eduardo Duhalde en 1999, Balestrini se alía a Duhalde y derrota en la interna justicialista .

[3]​ Hacia fines de los años noventa, Balestrini conformó con Julio Alak y Juan José Álvarez un trío conocido como «Los Tres Mosqueteros», que buscaban posicionarse como dirigentes jóvenes y con futuro dentro del peronismo.

El incipiente kirchnerismo salió airoso en la elección, Balestrini se convirtió en diputado y presidente de la Cámara baja.

Desde allí ayudó a construir las mayorías que Kirchner necesitaba para avanzar con sus leyes en el Parlamento.

[14]​ En enero de 2013, Balestrini volvió a caminar por primera vez desde que sufrió el ACV.