El término municipal está atravesado por la Autopista Vasco-Aragonesa (AP-68) y por la autovía A-68, además de por la carretera autonómica A-126, que se dirige hacia Tauste, y por una carretera local que permite la comunicación con Cabañas de Ebro.

En la margen izquierda del Ebro, en el límite norte del municipio, encontramos un escarpe que da paso a los montes de El Castellar que se caracterizan por una vegetación xerófila adaptada a condiciones de sequedad.

El casco urbano se alza a 235 m sobre el nivel del mar.

Alagón tiene un clima mediterráneo continental semiárido que es común a toda la zona media de la depresión del Ebro.

Los veranos son cálidos y secos superando frecuentemente los 35 °C e incluso rozando los 40 °C algunos días.

En otoño las temperaturas descienden y aumentan las precipitaciones siendo algo menos abundantes que en primavera.

En resumen la temperatura varía mucho a lo largo del año, las precipitaciones son escasas ya que se trata de un espacio semiárido y los vientos son frecuentes sobre todo el Cierzo muy típico en invierno y principios de primavera y que hace disminuir la sensación térmica dando lugar a contrastes todavía más marcados entre estaciones.

En torno a la plaza del Castillo se ubicó el más antiguo asentamiento humano conocido, la ciudad ibérica de Alaun.

Era la más oriental de las ciudades vasconas y acuñó moneda con inscripciones en alfabeto íbero.

A partir del siglo XVI, el caserío se extiende hacia el noreste en torno a la calle Mayor y la plaza Nueva (hoy de España), englobando barrios preexistentes como el de San Juan.

En el siglo XVIII, los jesuitas edifican un colegio, dedicado a San Antonio, en el solar de la antigua Judería.

A fines de siglo, el Canal Imperial de Aragón salva en Alagón el mayor escollo que tenía para llegar a Zaragoza, construyéndose un magnífico acueducto sobre el río Jalón, popularmente conocido como El Caracol.

Finalmente, el siglo XX supone para Alagón el nacimiento de actividades industriales que se añaden a las tradicionales agrícola y comercial, instalándose en 1905 la Azucarera y por último, en 1980, Opel España en la vecina localidad de Figueruelas.

Desde la estación los trenes de Media Distancia ofrecen servicios directos a ciudades como Zaragoza, Tudela, Pamplona y Logroño.