El libreto es del propio Glass en colaboración con Shalomon Goldman, Robert Israel y Richard Riddell.
El compositor termina con esta obra una trilogía de óperas biográficas; las otras dos son: Einstein on the Beach y Satyagraha.
Las tres presentan a los personajes como artífices de un cambio importante en la época en la que vivieron: Akenatón en la religión, Einstein en la ciencia y Gandhi en la política.
Algunos textos están en lengua acadia (ver Acad) y hebreo antiguo.
El aria de Akenatón del Acto II, que recita un Himno a Atón, también debe cantarse en el idioma del lugar donde se represente la obra.