Se considera uno de los pueblos más antiguos del territorio guipuzcoano.
Está situado en el valle del mismo nombre sobre las laderas del monte Ertxiña de 434 metros de altitud perteneciente al macizo del Hernio en una antigua encrucijada de caminos, hoy relegados.
La referencia documental más antigua hallada sobre esta población data 1212 y está recogida en un documento de 1303 en el cual aparece con el nombre de "Aycarna".
En 1383 recibió la carta puebla dada por el rey Juan I de Castilla en Segovia.
En el siglo XIV de Aizarna se fundó Cestona, entonces Santa Cruz de Cestona a las orillas del Urola.